सन् २००८ मा एएचएफ नेपालको स्थापना भएको हो । स्थापनाकाल देखिनै राष्ट्रिय एड्स तथा यौन रोग नियन्त्रण केन्द्र सँगको साझेदारीमा एचआइभी÷एड्सविरुद्धको लडाइँमा अग्रपङ्क्तिमा रहँदै आएको छ । टेकुस्थित शुक्रराज ट्रपिकल तथा सरुवा रोग अस्पतालमा सन् २००९ को मे महिनामा सेवा सुरु गरेको एएचएफ नेपालले एन्टिरेट्रोभाइरल (एआरटी) उपचारको गुणस्तरीय सेवा प्रदान गर्न नेपाल सरकारसँग सहकार्य गर्ने पहिलो अन्तर्राष्ट्रिय गैरसरकारी संस्था हो । यो कार्यक्रम अहिले विभिन्न सरकारी अस्पतालहरूको एआरटी केन्द्रहरूबाट सञ्चालन हुँदै आएको छ, जसले एचआईभीसँग बाँचिरहेकाहरूलाई क्रिटिकल केयर र हेरचाह प्रदान गर्दछ। नेपालमा एचआईभी को महामारी उच्च जोखिममा रहेका जनसंख्यामा केन्द्रित छ, र एएचएफ नेपालले जीवन बचाउने उपचार र सेवाहरूको पहुँच सुनिश्चित गर्दै यस चुनौतीलाई सम्बोधन गर्न महत्त्वपूर्ण भूमिका खेलिरहेको छ।
एचएफ नेपाले नेपाल सरकारको १९ वटा एआरटी क्लिनिकहरूबाट र एउटा एनजीओ सांझेदार संस्था स्पर्श नेपालको सीबी–एआरटी क्लिनिकबाट गुणस्तरीय एचआईभी सम्बन्धि सेवाहरू प्रदान गर्दै आईरहेको छ । एएचएफ नेपालले यस परियोजना अन्तरगत २० वटा एआरटी केन्द्रहरूबाट क्रियाकलापहरू कार्यान्वयन गर्नेछ जसमा विगत परियोजनको १४ वटा जिल्लाहरू(काठमाडौं, ललितपुर, चितवन, रुपन्देही, कैलाली, कास्की, बाँके, पर्सा, डोटी, अछाम, धनुषा, सुर्खेत, कपिलवस्तु र मकवानपुर)को १६ क्लिनिकहरू (बीर अस्पताल ए.आर.टि., शहिद शुक्रराज ट्रपिकल तथा सरुवा रोग अस्पताल टेकु ए.आर.टि., स्पर्स नेपाल, भरतपुर अस्पताल ए.आर.टि.,लुम्बिनी प्रादेशिक अस्पताल बुटवल ए.आर.टि., टिकापुर अस्पताल टिकापुर ए.आर.टि., सेती प्रादेशिक अस्पताल सेती ए.आर.टि., पोखरा स्वास्थ्य विज्ञान प्रतिष्ठान पोखरा ए.आर.टि., भेरी अस्पताल भेरी ए.आर.टि., नारायणी अस्पताल नारायणी ए.आर.टि., डोटी अस्पताल डोटी ए.आर.टि., अछाम अस्पताल अछाम ए.आर.टि., जनकपुर प्रादेशिक अस्पताल जनकपुर ए.आर.टि., सुर्खेत प्रदेश अस्पताल सुर्खेत ए.आर.टि. कपिलवस्तु अस्पताल कपिलवस्तु ए.आर.टि., हेटौडा अस्पताल मकवानपुर अस्पताल), मेची एआरटी(झापा, कोशी एआरटी(विराटनगर, गोरखा एआरटी(गोरखामा राष्ट्रिय एड्स तथा यौनरोग नियन्त्रण केन्द्रको सिफारिसअनुसार सहकार्य गरिरहेको छ । यस सहकार्यले एचआईभीको संक्रमण दर तथा एचआईभीको कारणबाट हुने मृत्युहरूलाई घटाउनमा महत्वपूर्ण रुपमा योगदान गर्नेछ, जबकि एचआईभी संक्रमित भएर बाँची रहेकाहरूको स्वास्थ्यमा सुधार तथा उनीहरूको स्वस्थ्य जिवनयापनका लागि पनि योगदान गर्नेछ । एचआईभीको रोकथाम, व्यक्तिहरूलाई आफ्नो एचआईभीको अवस्था थाहा पाउनको लागि सशक्तिकरण गर्ने, एचआईभी संक्रमितहरूलाई एन्टीरेट्रोभाइरल उपचार तथा समग्र दीर्घकालिन हेरचाह प्रदान गर्दैआईरहेको छ।